1982年创刊| ISSN 1008-3847| CN 44-1202/S
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本期杂志
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面向生产，而向基层，面向农村；
以普及为主，兼顾提高；
以实用为主，兼顾基础理论；
立足广东，流通全国，走向世界。
养禽与禽病防治 2023年第6期 - 31 -

鸡载脂蛋白 A1 基因外显子区影响体脂性状的功能性 SNP 预测

王梦蝶 ( 农业农村部鸡遗传育种重点实验室 , 黑龙江 , 哈尔滨 150030 )
袁萌 ( 农业农村部鸡遗传育种重点实验室 , 黑龙江 , 哈尔滨 150030 )
王守志 ( 农业农村部鸡遗传育种重点实验室 , 黑龙江 , 哈尔滨 150030 )
中图分类号:S831.2 文献标志码:A 文章编号:1008-3847（2023）06-0031-07
摘要: 载脂蛋白 A1 基因（APOA1）在动物体脂代谢中发挥重要作用。本研究旨在利用生物信息学的方法筛选鸡 APOA1 基因中具有潜在生物学作用的非同义突变单核苷酸多态性（non-synonymous single nucleotide polymorphisms，nsSNPs）位点，为利用分子标记辅助选择技术开展鸡体脂性状遗传改良提供理论参考。本研究从 dbSNP 数据库中提取 APOA1 基因 12 个 nsSNPs，利用 4 种生物信息学预测软件（SIFT、PolyPhen-2、SNAP 和 PhD-SNP）预测其是否为功能性 SNPs；使用 I-Mutant3.0 和 MUpro 软件分析突变位点氨基酸的稳定性，并对 APOA1 基因编码的氨基酸序列进行多序列对比和位点保守性预测；最后使用SOPMA 和 SWISS-MODEL 软件预测 nsSNPs 突变前后蛋白质的二级结构和三级结构的变化。结果表明，V179G（rs732849555）突变位点影响鸡 APOA1 蛋白质的结构，可能是影响鸡体脂性状的重要功能性 SNPs。
关键字: 鸡 APOA1 基因 SNP 功能 预测生物 信息学
责任编辑: 聂庆华